Error de certificate SSL confuso: ¿está permitido el número de puerto?

Recibo un error al acceder a nuestro sitio con Safari de iOS, y logré encontrar el error usando el depurador remoto en safari, lo que parece decir que el certificate SSL es incorrecto, pero el error es bastante confuso:

[Error] Failed to load resource: The certificate for this server is invalid. You might be connecting to a server https://myserver.mydomain.com:36000/something that is pretending to be “myserver.mydomain.com” which could put your confidential information at risk. (connect, line 0) 

¿Alguien sabe cuál será el problema? Mi mejor estimación es que el puerto en la url puede ser el problema, pero por lo que sé debe ser válido.

No recibo este error en ningún otro browser que haya probado, aunque hay un error en IE9 que creo que podría ser el mismo problema, ya que parece que se activa cuando se pulsa la misma url, pero eso no tiene información útil :

 Error: Access is denied. undefined 

(No obtengo este error en IE9 con la opción "Acceder a orígenes de datos entre dominios" habilitada, por lo que podría no estar relacionada)

¿Alguna pista de cómo depurar esto?

Te estás perdiendo el certificate de CA en tu cadena de certificates. Asegúrese de que esté en el file Y en el order correcto.